Se llama enfermedades infecciosas emergentes (EIE) a una clase de enfermedades infecciosas que surgen en lugares y momentos específicos y se convierten, o amenazan con convertirse, en nuevas epidemias. El concepto no se aplica sólo a enfermedades que afligen a las poblaciones humanas. El fenómeno está en el origen de buena parte de la legislación que restringe el tráfico de muestras o especímenes biológicos a través de las fronteras.J.F
Lo más común es que los patógenos largamente establecidos en una población coevolucionen con ésta hasta lograr combinar la capacidad para mantenerse en el huésped reduciendo sólo marginalmente su viabilidad. Las patologías infecciosas más graves suelen ser el reflejo de un encuentro reciente. En algún sentido todas las enfermedades infecciosas se han iniciado en las condiciones que caracterizamos como propias de las emergentes.
Las EIE son una de las amenazas más graves para la salud pública. La aparición de una nueva cepa, muy virulenta, del virus de la gripe produjo en 1918 la epidemia llamada de la «gripe española», que produjo más de 40 millones de muertos. Un número que se aproxima, unos 25 millones, ha producido la epidemia de sida, primero identificada como tal en 1981. Una mortalidad asociada muy alta, como en el sida, o una elevada tasa de contagio, como en la gripe, dan la medida del riesgo. Virus como el Ébola, en el que se combinan un ciclo muy rápido y una elevada infectividad, parecen poco capaces de expandirse de forma epidémica. La gripe aviaria representa la amenaza de una enfermedad a la vez grave y muy contagiosa, susceptible de producir una situación difícil de controlar.
Las enfermedades emergentes son importantes también cuando afectan a los animales de cría, como en el caso de la propia gripe aviaria o la encefalopatía espongiforme bovina, por sus consecuencias para la economía agraria y el suministro de alimentos. Lo mismo puede decirse de las plantas cultivadas; la irrupción de la filoxera produjo una crisis radical de la viticultura tradicional europea finales del siglo XIX. Las nuevas infecciones son una amenaza también para los esfuerzos de conservación; como en el caso de la epidemia vírica que diezmó a las focas del Mar del Norte en los años 1980.
